Jedna z wersji lokalnej legendy mówi, że w lipowym gaju w pobliżu Lubawy pojawiła się wielka jasność. Po pewnym czasie w tym samym miejscu odnaleziono figurkę Najświętszej Marii Panny. Rzeźbę przeniesiono do kościoła farnego w Lubawie, lecz ta w nocy wróciła na swoje miejsce. Ponieważ sytuacja ta powtórzyła się kilkukrotnie, postanowiono, że w miejscu cudu wzniesiona zostanie świątynia. Pierwszy drewniany kościół w podlubawskich Lipach szybko stał się sanktuarium maryjnym. Badania historyczne wykazały, że zachowana do naszych czasów cudowna figurka Marii z Dzieciątkiem podarowana została miejscowej parafii przez biskupa chełmińskiego Piotra Kostkę, urzędującego od 1574 do 1595 roku. Współczesne badanie drewna metodą węgla C14 potwierdziło, że rzeźba powstała w XVI-tym wieku. Obecnie metalowe aplikacje na figurze pochodzą z różnego czasu i były parokrotnie naprawiane i uzupełniane. Najstarszym zachowanym elementem jest korona Dzieciatka oraz sukienki Jezusa i Marii, pochodzące najprawdopodobniej z 1848 roku. Korona Marii została wykonana w późniejszym czasie. Najnowszymi elementami są księżyc i promienie. Co roku z okazji odpustu 2 lipca cudowna figura Matki Boskiej Lipskiej przenoszona jest z ołtarza w kościele świętej Anny do kaplicy w Lipach. Dawniej do transportu służyła specjalna bursa – torba niesiona przez duchownego, z której widoczna była tylko głowa Marii. Obecnie w czasie odpustu rzeźba niesiona jest w feretronie, który powstał po drugiej wojnie światowej.
Cudowna figura Matki Boskiej Lipskiej otoczona jest od wieków szczególnym kultem mieszkańców Ziemi Lubawskiej. Świadczą o tym zgromadzone w kościele liczne wota w formie srebrnych plakiet, składanych z prośbą o wstawiennictwo lub będących podziękowaniem za doznane laski. Część z nich prezentowana jest obecnie z przodu ołtarza.
